内设机构：

办公室、法规审理科、电子数据审计科、自然资源和生态环境审计科、企业和涉外审计科、内部审计指导监督科、重大政策落实跟踪审计科、经济责任审计科、财政金融审计科、行政事业审计科、固定资产投资审计科、社会保障审计科、机关党委、秘书科。

下属事业单位：

南平市固定资产投资审计中心，负责人：危奇飞；

南平市计算机审计中心，负责人：高贤亮。

派出机构：

南平市审计局武夷新区分局，负责人：危奇飞。